Początek prymasostwa Stefana Wyszyńskiego zbiegł się bowiem z okresem wzmożonej walki nowej tzw. ludowej władzy z Kościołem. Aby zagwarantować margines niezależności w pracy duszpasterskiej Kościoła prymas doprowadził do zawarcia z rządem Porozumienia. Podpisane w kwietniu 1950 roku było jednak przez władze od początku łamane. Prymas musiał wielokrotnie iść na ustępstwa, by nie doprowadzić do jeszcze większej eskalacji konfliktu.
Nienawiść można tylko uleczyć miłością.
Granicą ustępstw był dekret Rady Państwa o obsadzie duchownych stanowisk kościelnych z lutego 1953 roku, który stanowił, że o wszystkich stanowiskach kościelnych od wikariusza po biskupa decydować będą władze państwowe. W maju 1953 roku w imieniu Episkopatu prymas wystosował do Bolesława Bieruta, premiera i I sekretarza PZPR, memoriał, kończący się słowami: „Rzeczy Bożych na ołtarzach cezara składać nam nie wolno. Non possumus!”. Nie możemy. Aresztowanie prymasa od miesięcy było przygotowywane przez władze polityczno-państwowe PRL, ale memoriał w decyzji utwierdził.
25 września 1953 roku późnym wieczorem do domu Arcybiskupów Warszawskich wtargnęli funkcjonariusze Urzędu Bezpieczeństwa. Prymas Polski został aresztowany. Przez kolejne trzy lata – bez procesu i bez wyroku – był więziony w Rywałdzie na Pomorzu, Stoczku na Warmii, Prudniku na Śląsku i Komańczy w Bieszczadach. W Komańczy napisał Jasnogórskie Śluby Narodu, które zostały złożone przez ponad milion wiernych na Jasnej Górze 26 sierpnia 1956 roku.
Prymas wyszedł na wolność wyszedł 28 października 1956 roku w wyniku tzw. politycznej odwilży wywołanej potężnymi społecznymi protestami.