Wielką Nowennę prymas zainaugurował 3 maja 1957 roku na Jasnej Górze. Poprzez realizację poszczególnych ślubów z Jasnogórskich Ślubów Narodu Polacy mieli wejść w drugie tysiąclecie chrześcijaństwa jako naród wierzący.
26 sierpnia 1957 roku, również na Jasnej Górze prymas rozpoczął peregrynację po kraju kopii obrazu Matki Bożej Częstochowskiej, którą w maju, w czasie wizyty w prymasa w Watykanie poświęcił papież Pius XII. W czasie tej wizyty prymas odebrał insygnia kardynalskie, na co w styczniu 1953 roku nie pozwoliły mu władze komunistycznej Polski (nie otrzymał paszportu na wyjazd na konsystorz).
Nie jest to ważne, by krytykować przeszłość, lecz aby swój
własny wysiłek włożyć w lepszą przyszłość.
Obchody milenium chrztu Polski prymas rozpoczął w Gnieźnie w kwietniu 1966, a następnie do lipca 1967 roku uczestniczył we uroczystościach milenijnych we wszystkich diecezjach Polski. Kulminacją obchodów były uroczystości na Jasnej Górze 3 maja 1966 roku, podczas których kard. Wyszyński odczytał Akt oddania Polski w macierzyńską Niewolę Maryi, Matki Kościoła za wolność Kościoła Chrystusowego.
W okresie przygotowań do polskiego milenium odbywał się sobór watykański II (1962-1965), w którego czterech sesjach aktywnie uczestniczył kard. Wyszyński. Był m.in. członkiem prezydium soboru i nieoficjalnym przedstawicielem katolików na Wschodzie, pozbawionych struktur kościelnych. Jesienią 1965 roku wraz z biskupami wystosował listy do 56. episkopatów świata informując i zapraszając na obchody milenium chrztu do Polski. List do Episkopatu Niemiec (z 18 listopada 1965 roku) ze słowami „przebaczamy i prosimy o przebaczenie” był zaproszeniem do polsko-niemieckiego pojednania.
W 1967 roku prymas Stefan Wyszyński ogłosił nowy program duszpasterski „Społeczną Krucjatę Miłości”.