Po powrocie w 1956 roku z internowania Prymas Stefan Wyszyński zastał w Warszawie funkcjonującą od dwóch lat Akademię Teologii Katolickiej. Uczelni, powołanej jednostronną decyzją władz państwowych, zarzucano brak kanoniczności, sprzeciw budził też sposób „osadzenia” Akademii w mariańskim kolegium na Bielanach, skąd siłą wyrzucono zakonników.
Po październikowej odwilży politycznej 1956 roku odżyły nadzieje środowiska profesorskiego na powrót do swoich macierzystych uczelni, czyli na Uniwersytet Jagielloński i Uniwersytet Warszawski. Te nadzieje podzielał również kardynał Wyszyński. Do reaktywacji wydziałów teologicznych na uniwersytetach w Krakowie i Warszawie jednak nie doszło. Trzeba było szukać innych rozwiązań. Dylemat Księdza Prymasa dobrze oddaje notatka z dzienników Pro memoria, które prowadził w latach 1948-1981. Pod datą 27 lutego 1958 roku zanotował:
Ks. Kwiatkowski (rektor ATK 1956-1965 – przyp. red.) i ks. Subera (prorektor ATK 1956-1966 i 1972-1980 – przyp. red.) w sprawie ATK. Składają memoriał w sprawie obecnego stanu ATK. Memoriału przyjąć nie mogę, gdyż w złym świetle stawia istotny stan prawny. Chcę utrzymać Wydział Teologiczny w Warszawie, ale nie mogę uważać się za człowieka aprobującego ATK.
Mimo to Prymas rozpoczął staranie o uregulowanie statusu Akademii, co zaowocowało decyzją watykańskiej Kongregacji Seminariów i Uniwersytetów Katolickich nadającą mu władzę w zakresie kościelnym nad ATK. Prymas otrzymał tytuł Wielkiego Kanclerza ATK. Decyzję Watykanu przedstawił na swoim pierwszym oficjalnym spotkaniu z Senatem Akademii, co miało miejsce w jego rezydencji na Miodowej 25 stycznia 1960 roku. Niemal dwa lata później – 5 grudnia 1961 po raz pierwszy oficjalnie pojawił się na Akademii, by uczestniczyć w nabożeństwie w kaplicy akademickiej, a następnie w posiedzeniu naukowym. Na pierwszej inauguracji roku akademickiego pojawił się dopiero 4 października 1966 roku. Te trzy ważne daty w historii relacji kardynała Wyszyńskiego z ATK dzieli spory dystans czasowy, co dobrze odzwierciedla jego rezerwę wobec uczelni.
Sytuacja zmieniła się wraz z wyborem na rektora w 1965 roku ks. prof. Józefa Iwanickiego, byłego rektora KUL i przedwojennego współpracownika ks. dr. Stefana Wyszyńskiego z okresu, gdy ten był redaktorem naczelnym „Ateneum Kapłańskiego” we Włocławku. W jednym z zachowanych nagrań, dostępnych w Muzeum cyfrowym UKSW, goszczący na ATK Prymas zwraca się do rektora Iwanickiego jako do „swojego kolegi i przyjaciela”. Serdeczne wspomnienia, ale zapewne też owoce rektorstwa ks. Iwanickiego na KUL-u stały się źródłem zaufania i argumentem na rzecz zaangażowania się Wielkiego Kanclerza w życie ATK.
Właśnie od połowy lat sześćdziesiątych zaczynają się jego częste kontakty z uczelnią. Bierze udział w życiu naukowym, uczestnicząc w ważnych konferencjach i spotkaniach. Bardzo zależy mu na jakości i poziomie wykształcenia nie tylko kadry naukowej i studentów ATK, ale również szeregowego duchowieństwa, dlatego regularnie bywa na zjazdach i kursach homiletyczno-pastoralno-liturgicznych dla księży z całej Polski, które odbywały się na Akademii. Wygłasza wówczas wykłady, ale przede wszystkim dzieli się wiedzą i przemyśleniami na temat reform soboru watykańskiego II, w którym uczestniczył bądź komentuje sytuację społeczno-religijną w kraju. „Główne nurty odnowy soborowej” czy „Od niepokoju posoborowego do dojrzałości myśli teologicznej” – to przykłady jego wystąpień skierowanych do księży studentów i pracowników ATK w 1965 i 1968 roku.
W czerwcu 1970 roku na VIII Kongresie Biblistów Polskich, który odbywał się na ATK, Ksiądz Prymas wygłosił homilię podczas Mszy św. sprawowanej pod przewodnictwem kard. Karola Wojtyły. W marcu 1972 spotkał się z Senatem Uczelni, pracownikami naukowymi oraz księżmi studentami mieszkającymi w konwikcie (hoteliku). W rektoracie rozmawiał z władzami uczelni, w kaplicy miał konferencję na temat roli i zadań kapłana we współczesnym świecie, po czym w głównej sali wykładowej odpowiadał na pytania dotyczące życia Kościoła w Polsce i polskiej myśli teologicznej.
Prymas przywiązywał dużą wagę do tego typu spotkań, budując w ten sposób swój ogromny autorytet i zaufanie. Był również ojcowski wobec całej społeczności akademickiej. Zapraszał księży studentów z uczelnianego konwiktu na spotkania opłatkowe do swojej rezydencji na Miodowej, lubił spotykać się z młodzieżą akademicką. Chętnie słuchał chóru ATK. Często zapraszał chórzystów do swojej rezydencji, na przykład w 1974 roku po powrocie z tournee po Włoszech, gdzie zaśpiewali między innymi dla papieża Pawła VI. Dwa lata później spotkał się z chórem w swojej stolicy prymasowskiej w Gnieźnie.
Uczestniczył w inauguracjach roku akademickiego – po roku 1966 były to uroczystości w latach: 1972, 1973, 1974, 1975, 1976 i 1979.
„De revolutionibus orbium coelestium” – tak, nawiązując do dzieła Mikołaja Kopernika, zatytułował swoje wystąpienie podczas inauguracji 18 października 1972, gdy ATK uczciła jubileusz 25-lecia biskupstwa Wielkiego Kanclerza, wydając księgę pamiątkową pt. „W kierunku człowieka” ze zbiorem jego najważniejszych przemówień i homilii. Po blisko pół wieku publikacja ta stała się inspiracją dla ustanowienia nagrody Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego – pierwsi laureaci otrzymali ją z okazji jubileuszu 20-lecia UKSW w 2019 roku.
Jako Wielki Kanclerz Akademii Teologii Katolickiej kardynał Wyszyński troszczył się również o jej byt materialny, co nie było łatwe z powodu wielkich ograniczeń dla uczelni narzuconych przez władze państwowe. Mimo limitów dot. liczby studentów i kierunków kształcenia Akademia się rozwijała. Zaczynało brakować miejsca w niewielkim pomariańskim budynku na Bielanach. Wykłady odbywały się więc w salkach parafialnych w całej Warszawie – od Mokotowa po Młociny. W jednym z przemówień, dostępnym w naszym muzeum cyfrowym, Wielki Kanclerz odnosi się do słynnych trudności lokalowych ATK i proponuje niezwykłą rzecz: wybudowanie budynku seminarium duchownego naprzeciwko ATK przy ul. Dewajtis, a następnie oddanie uczelni pomieszczeń przy Krakowskim Przedmieściu – w samym centrum Warszawy. Na przeszkodzie stał jednak administracyjny opór władz państwowych i samorządowych stolicy.
Reprezentowanie interesów Akademii wobec aparatu państwowego PRL w miarę upływu lat stawało się coraz większą osobistą sprawą kardynała Wyszyńskiego. Odegrał on w dziejach ATK kluczową rolę, choć nie był jej rektorem ani wykładowcą. Był Wielkim Kanclerzem, a to oznacza, że miał wielki wpływ na jej funkcjonowanie i kierunek, w którym się rozwijała i podążała. Wyposażony w uprawnienia Stolicy Apostolskiej był przede wszystkim gwarantem jej istnienia i autonomii – oczywiście wąskiej, bo w ramach ateistycznego państwa, jakim był PRL.
Ostatnie spotkanie Prymasa z Akademią odbyło się 9 marca 1981 roku w rezydencji na Miodowej. Była to nadzwyczajna sesja Senatu ATK, podczas której ciężko chory kard. Wyszyński wygłosił przemówienie, uważane za testament dla uczelni. Powiedział m.in.:
Moi drodzy! Akademia Teologii Katolickiej przez swą pracę, przez skład profesorski, przez dotychczasowy dorobek, przez wkorzenienie się w opinię publiczną społeczeństwa katolickiego, naprawdę stat supra firmam petram. Akademii nic nie grozi. Proszę to sobie zapamiętać: nic jej bytowi nie grozi. (…) Ale można by napisać ogromny wolumen, gdy idzie o historię i anteriora sprawy – Akademii Teologii Katolickiej. Gdybyśmy sięgnęli np. do protokołów Komisji Mieszanej ongiś, czy Konferencji Episkopatu, czy też poszczególnych Komisji ds. Nauki, której przewodził ksiądz kardynał Wojtyła, ds. Kultury Katolickiej czy Seminariów Duchownych – znaleźlibyśmy tam wiele materiału z dziedziny, która i Was dotyczy; wiedzielibyście, że sprawa nie kona i że wasza praca nie jest daremna. Jest stałym wzrastaniem w teren opinii katolickiej w Polsce. A jak powiedziałem na początku, im ta praca będzie rzetelniejsza, im wyższy będzie poziom pracy profesorów, im większe wymagania postawicie młodzieży (to jest specjalny temat!), tym bardziej pewność utrzymania się tej instytucji i jej rozwoju jest, moim zdaniem, niezachwiana.
Patrząc z perspektywy historycznej można powiedzieć, że były to prorocze słowa. Dziś dawna Akademia Teologii Katolickiej jest szerokoprofilowym Uniwersytetem z 12 wydziałami, w tym Collegium Medicum, któremu patronuje jej pierwszy Wielki Kanclerz kardynał Stefan Wyszyński.
Alicja Wysocka