Stefan wychowywał się w pobożnej i patriotycznej rodzinie. Polskiej historii i geografii zakazanej w rosyjskiej szkole powszechnej, którą rozpoczął w Zuzeli, potajemnie uczył Stefana ojciec Stanisław. W 1910 roku rodzina Wyszyńskich przeprowadziła się do nieodległego Andrzejewa, gdzie w październiku zmarła matka Julianna. To tragiczne wydarzenie mocno odcisnęło się w życiu dziewięcioletniego Stefana, który z czasem miłość z matki rodzonej przeniósł na Matkę Bożą.
W 1912 roku, jako jedenastolatek Stefan Wyszyński rozpoczął naukę w Warszawie w prywatnym gimnazjum męskim Wojciecha Górskiego, mieszkał zaś u rodziny matki na Mariensztacie. Po wakacjach 1915 roku, nie mogąc z powodu rosyjsko-niemieckiego frontu przedostać się z Andrzejewa do Warszawy, kontynuował naukę w Męskiej Szkoły Handlowej w Łomży. Tu jak uprzednio w Warszawie należał do tajnego wówczas harcerstwa, które krzewiło wartości patriotyczne i niepodległościowe. Po ukończeniu IV klasy gimnazjum jesienią 1917 roku rozpoczął naukę w Liceum im. Piusa X we Włocławku, które było niższym seminarium duchownym.