1939-1948. Czas wojny
Po wybuchu II wojny światowej ks. Stefan Wyszyński musiał uciekać z Włocławka z powodu krytycznych wobec hitleryzmu tekstów, publikowanych w kierowanym przez niego piśmie „Ateneum Kapłańskie”.
Zrobił to niechętnie, na usilne polecenie bp. Michała Kozala, który zginął, jak wielu kolegów ks. Wyszyńskiego, w niemieckim obozie zagłady. Początkowo ukrywał się w domu ojca we Wrociszewie, następnie na Lubelszczyźnie – w Kozłówce w pałacu Zamoyskich i w Żułowie, gdzie franciszkanki służebnice Krzyża opiekowały się niewidomymi dziećmi. W 1942 roku ks. Wyszyński przyjechał do zakładu dla niewidomych w podwarszawskich Laskach, które dobrze znał sprzed wojny. Został kapelanem sióstr i katechetą dzieci, w Warszawie prowadził tajne nauczanie. Jesienią 1942 został ojcem duchownym grupy dziewcząt tzw. Ósemka z ich liderką Marią Okońską, z którymi blisko współpracował przez następne kilkadziesiąt lat (Ósemka przekształciła się w świecki instytut, dziś o nazwie: Instytut Prymasa Wyszyńskiego). Wiosną 1944 roku ks. Wyszyński został kapelanem Armii Krajowej pseudonim Radwan III. Był nim w czasie powstania warszawskiego, służąc rannym powstańcom w szpitaliku w Laskach.
Posłuszeństwo woli Bożej, to posłuszeństwo wielkiej Miłości, bo Bóg jest Miłością.
Po wojnie wrócił do Włocławka – odbudowywał seminarium, był jego wicerektorem, prowadził dwie parafie.
W marcu 1946 roku został mianowany przez papieża Piusa XII biskupem lubelskim. Sakrę biskupią przyjął 12 maja na Jasnej Górze. Diecezją lubelską zarządzał ponad dwa lata, odbudowując zniszczone przez wojnę diecezjalne struktury i życie religijne. 16 listopada 1948 roku Pius XII podpisał nominację bp. Stefana Wyszyńskiego na arcybiskupa Gniezna i arcybiskupa Warszawy, prymasa Polski. Było to zgodne z życzeniem, wyrażonym przed śmiercią przez prymasa Augusta Hlonda.
Ksiądz Stefan Wyszyński, który od czasów kleryckich publikował teksty we włocławskiej prasie katolickiej, w latach 30. rozwinął działalność publicystyczną, popularyzując w licznych tekstach i broszurach zasady katolickiej nauki społecznej. W 1932 roku został redaktorem naczelnym znaczącego pisma diecezji włocławskiej „Ateneum Kapłańskie”. Aktywność społeczna ks. Wyszyńskiego została doceniona przez kard. Augusta Hlonda, który w 1937 zaprosił go do Rady Społecznej przy Prymasie Polski.