Obchody milenium chrztu Polski prymas rozpoczął w Gnieźnie w kwietniu 1966, a następnie do lipca 1967 roku uczestniczył we uroczystościach milenijnych we wszystkich diecezjach Polski. Kulminacją obchodów były uroczystości na Jasnej Górze 3 maja 1966 roku, podczas których kard. Wyszyński odczytał Akt oddania Polski w macierzyńską Niewolę Maryi, Matki Kościoła za wolność Kościoła Chrystusowego.
W okresie przygotowań do polskiego milenium odbywał się sobór watykański II (1962-1965), w którego czterech sesjach aktywnie uczestniczył kard. Wyszyński. Był m.in. członkiem prezydium soboru i nieoficjalnym przedstawicielem katolików na Wschodzie, pozbawionych struktur kościelnych. Jesienią 1965 roku wraz z biskupami wystosował listy do 56. episkopatów świata informując i zapraszając na obchody milenium chrztu do Polski. List do Episkopatu Niemiec (z 18 listopada 1965 roku) ze słowami „przebaczamy i prosimy o przebaczenie” był zaproszeniem do polsko-niemieckiego pojednania.
W 1967 roku prymas Stefan Wyszyński ogłosił nowy program duszpasterski „Społeczną Krucjatę Miłości”.