Granicą ustępstw był dekret Rady Państwa o obsadzie duchownych stanowisk kościelnych z lutego 1953 roku, który stanowił, że o wszystkich stanowiskach kościelnych od wikariusza po biskupa decydować będą władze państwowe. W maju 1953 roku w imieniu Episkopatu prymas wystosował do Bolesława Bieruta, premiera i I sekretarza PZPR, memoriał, kończący się słowami: „Rzeczy Bożych na ołtarzach cezara składać nam nie wolno. Non possumus!”. Nie możemy. Aresztowanie prymasa od miesięcy było przygotowywane przez władze polityczno-państwowe PRL, ale memoriał w decyzji utwierdził.
25 września 1953 roku późnym wieczorem do domu Arcybiskupów Warszawskich wtargnęli funkcjonariusze Urzędu Bezpieczeństwa. Prymas Polski został aresztowany. Przez kolejne trzy lata – bez procesu i bez wyroku – był więziony w Rywałdzie na Pomorzu, Stoczku na Warmii, Prudniku na Śląsku i Komańczy w Bieszczadach. W Komańczy napisał Jasnogórskie Śluby Narodu, które zostały złożone przez ponad milion wiernych na Jasnej Górze 26 sierpnia 1956 roku.
Prymas wyszedł na wolność wyszedł 28 października 1956 roku w wyniku tzw. politycznej odwilży wywołanej potężnymi społecznymi protestami.